O início da Canoagem no clube foi em 2014, porém era somente praticada por associados de maneira recreativa. A partir de 2017, a ParaAtleta pinheirense, Claudia Sabino, começou a treinar e competir pela modalidade, sagrando-se Campeã Brasileira e líder do ranking nacional em 2018.
A primeira medalha de grande reconhecimento da modalidade para o Clube, foi conquistada em 1999, no Pan-americano de Winnipeg, no Canadá, pelo associado Carlos Augusto Pimenta de Campos, que faturou uma prata e três bronzes.
Hoje em dia, a modalidade é praticada na Raia Olímpica da USP. Em 2019, o espaço passou por uma grande atualização: o galpão foi ampliado em 200m² e conta com estrutura em arcos, modular e autoportante, com peças desmontáveis. O novo espaço terá mais conforto com a utilização de telhas termoacústicas que garantem uma temperatura menor na parte interna.
